Судебный участок мирового судьи № 427 района Щукино в Москве признал Фонд имени Андрея Рылькова виновным в нарушении закона «о нежелательных организациях». Организация оштрафована на 50 тыс. рублей за наличие на своем сайте гиперссылки на фонд «Открытое общество», внесенный в перечень «нежелательных организаций».
В фонде считают претензии необоснованными. «Закон устанавливает запрет на совершение действий — распространение информационных материалов, а не обязанность неограниченного круга лиц совершить некие действия — например, вычистить с сайта все ссылки на Фонд Сороса, возникшие там до конца мая 2015 года», — говорит юрист Фонда имени Андрея Рылькова Владимир Цвингли. В организации заявили о намерении обжаловать решение суда.
В июне 2016 года фонд был принудительно внесен в реестр «иностранных агентов». «Политической деятельностью» Минюст посчитал участие организации в международной акции, направленной на продвижение наркополитики, публикацию открытого письма председателю правительства. Организации также грозил штраф за отказ добровольно признавать себя «иностранным агентом», но суд прекратил дело.
Закон «о нежелательных организациях», принятый в мае 2015 года, вызвал критику со стороны российского и международного правозащитных сообществ. «Нежелательными» признаются иностранные и международные организации, чья деятельность угрожает «обороноспособности или безопасности государства» или «основам конституционного строя». В «Патриотический стоп-лист» Совета Федерации РФ вошли 12 организаций, деятельность которых может быть признана «нежелательной».
Статус «нежелательной организации», в частности, в разное время был присвоен Национальному демократическому институту международных отношений, Фонду Сороса, Национальному фонду в поддержку демократии и Американо-российскому фонду по экономическому и правовому развитию, Международному республиканскому институту и Фонду инвестирования в развитие СМИ.
В 2017 году также было возбуждено дело за нарушение закона «о нежелательных организациях» против Информационно-аналитического центра «Сова», а Ярославская общественная организация «Центр социального партнерства» была оштрафована на 50 тыс. рублей.