Из реестра некоммерческих организаций, признанных «иностранными агентами», убрали информацию о НКО, которым удалось из него выйти. При этом в реестре остались графы «Исключение из реестра» и «Причина исключения».
Эксперты некоммерческого сообщества ранее критиковали порядок выхода НКО из реестра «агентов», подчеркивая, что «исключенные» организации продолжают фигурировать в перечне на сайте Минюста. В октябре 2015 года на сайте министерства информация об исключенных из реестра «иностранных агентов» некоммерческих организациях на некоторое время исчезла, но почти была возвращена.
В 2016 году Костромской центр поддержки общественных инициатив пожаловался на порядок ведения Министерством юстиции РФ реестра «иностранных агентов» в Верховный суд РФ. Организация была исключена из реестра в июне 2015 года, но продолжила фигурировать в перечне с подписью «Прекращение выполнения функций иностранного агента» в графе «Причина исключения». Исключения записи из реестра также потребовал Центр ГРАНИ.
На сегодняшний день в реестре «иностранных агентов» 102 организации. Согласно результатам социологического исследования, проведенного Левада-центром, большинство россиян ничего не слышали о законе «об иностранных агентах».