Фонд был основан в конце XX века в Липецке и сейчас успешно работает на территории трех федеральных округов России. Представительства «Милосердия» открыты в четырех регионах страны.
С 1999 года фонд направил на благотворительность около 8 млрд рублей. Его поддержкой ежегодно пользуются более 30 тыс. человек. Работа фонда — это помощь в организации общественно значимых мероприятий в сфере науки, образования, культуры и спорта. Кроме того, это финансирование социальных проектов в пяти регионах России, поддержка благотворительных акций и волонтерских движений. Действуют десять постоянных программ, самая известная из которых — «Стальное дерево».
Сегодня фонд «Милосердие» входит в топ-10 рейтинга RAEX лучших корпоративных и частных НКО страны. Эксперты дважды признавали его программы лучшими социальными проектами России.
Успехи фонда в разные годы отмечались Торгово-промышленной палатой России, дважды — золотым знаком «За заслуги перед Липецком». Об открытости и прозрачности фонда говорят четыре высшие награды всероссийского конкурса добровольных публичных годовых отчетов «Точка отсчета».